Департамент регулирования рынков АПК, который возглавил Владимир Волик, займется вопросами стратегического планирования и регулирования агропромышленных рынков, организации государственных интервенций, реализацией политики импортозамещения в сельском хозяйстве и доктрины продовольственной безопасности, а также развитием товаропроводящей инфраструктуры.
В зону ответственности Департамента пищевой и перерабатывающей промышленности, директором которого назначен Евгений Ахпашев, вошли вопросы развития отраслей пищевой и перерабатывающей промышленности, разработка и реализация мер государственной поддержки пищевой промышленности, развитие отрасли виноградарства и виноделия, а также вопросы технического регулирования, взаимодействия с членами ЕЭК в рамках союза.
